Køge Museum ligger centralt på gågaden, Nørregade 4, lige ved Køge Torv og Køge Rådhus, 5 minutters gang fra Køge Station med S-Tog, Regionaltog og Stevnsbanen samt Busterminalen.

Der er P-pladser ved stationen, "Bag Haverne", Ivar Huidtfeldsvej og Østre Banevej.